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平成26年度第2回生物構造学研究会

2015-3-26 (木) 13:00 - 17:00

CROSS

平成26年度第2回生物構造学研究会

中性子による生命物質の構造解析が進捗している。J-PARC/MLFは大強度中性子源とは言え、SPring-8の放射光に比して入射ビーム強度は非常に低く、大きい単結晶を必要とし、それが障害となって、分子量の大きい膜蛋白質などの中性子結晶構造解析は進捗していない。一方、放射光では水素やプロトンの観察は容易ではない。これらを補完するのが計算科学である。「京」コンピュータは様々な分野での利用が拡大しているが、生物構造学の分野での活用も大いに期待される。本研究会では、生物構造学におけるスーパーコンピュータによる計算化学と結晶構造解析の融合について現状を分析し、今後の展望を議論する。

開催日時

2015年3月26日(木) 13:00~17:00

場所

研究社英語センター 地下2階 大会議室
〒162-0825 新宿区神楽坂1-2
Tel: 03-3269-4331

JR中央・総武線飯田橋駅西口徒歩約3分
東京メトロ南北線・有楽町線飯田橋駅B2a、B3出口徒歩約7分

参加費

参加費は無料ですが、資料代として¥5,000いただきます。
なお、中性子産業利用推進協議会の会員の方と大学、研究機関の方は無料です。それ以外の方は事務局までご相談ください。
資料代は当日徴収いたします。

協議会参加の企業・団体については中性子産業利用推進協議会のホームページ でご確認ください。

申込方法

下記の内容をご記入のうえ、メールでお申し込みください。
——————————————–
 (1) お名前
 (2) ご所属
 (3) ご連絡先 (電話番号、メールアドレス)
 (4) 交流会に  参加する / 参加しない
*交流会への参加を当日キャンセルされた場合、会費をいただきますのでご了承ください。
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【申込み、問い合わせ先】
中性子産業利用推進協議会
事務局 桐原由美子
Email: info@j-neutron.com
Tel: 029-352-3934

交流会

神楽坂の「ラ・カシェット」で交流会を開催します。
施設側とユーザーのざっくばらんな意見の交換の場になります。ぜひご参加ください。
参加希望者は研究会の参加申し込み時に登録してください。当日も受け付けます。
会費は当日いただきます。

会費: ¥3,000
時間: 17:20~19:20
会場: 神楽坂 ラ・カシェット
〒162-0825 東京都新宿区神楽坂1-10 三経第22 ビル3F
Tel: 03-3513-0823

テーマ

計算化学と中性子構造解析の融合

プログラム

13:00 – 13:05 開会挨拶 研究会主査
佐藤 衛
(横浜市立大学)
13:05 – 13:20 J-PARC/MLFの現状と産業利用J-PARC/MLFと茨城県BLの現状、J-PARC/MLFにおける産業利用の状況、2014Aにおける課題採択結果、ならびに、産業利用成果などを紹介する。 林 眞琴
(茨城県)
13:20 – 13:50 茨城県生命物質構造解析装置iBIXの現状茨城県生命物質構造解析装置iBIXは平成24年度に検出器高度化を行い、本格的なタンパク質試料の測定が可能となった。平成25年度からはソフトウェアを始めとしてユーザーフレンドリーな装置とするための改良や試料周辺環境装置の整備を進めている。また、より分子量の大きなタンパク質に対応するための精度向上にも取り組んでいる。装置グループや茨城県プロジェクトにより中性子の特徴を生かした興味深い結果も得られている。本講演ではiBIXの現状や高度化後のタンパク質の測定例を報告する。 日下勝弘
(茨城大学)
13:50 – 14:30 ポスト「京」による計算創薬の展望と実験科学との融合への期待2020年の本格運用を目指し、次世代のスーパーコンピュータであるポスト「京」の開発が始まった。講演者らは、ポスト「京」での分子動力学計算の速度を「京」の100倍の速さにすることによって、生体内分子の長時間(ミリ秒レベル)の動きを捉え、さらに多くの生体内分子を対象にした創薬シミュレーションを実現することを目指している。また、高度な実験計測にとっても、これらの計算結果がこれまでに以上に有用な知見を提供できるものと期待している。本講演では、ポスト「京」の展望と計算科学と実験科学との融合について議論したい。 奥野恭史
(京都大学)
14:30 – 15:10 SAXSと計算化学の融合結晶構造解析の発展により、立体構造ベースでの生命現象の理解が進んできているが、柔軟性ゆえに結晶化が困難であるが、重要な分子は数多くある。そのような対象に有効な実験手法は溶液散乱法であるが、低解像度にとどまるという問題がある。一方、「京」等のスパコンを用いた分子動力学(MD)法では詳細なダイナミクスを計算可能であり、そこに溶液散乱法(SAXS)を組み合わせること(MD-SAXS)で、実験と計算の融合による新たな構造解析法が生まれることが期待される。本講演では、スパコン「京」のプロジェクトで進んでいるヌクレオソーム研究を例にとりながらMD-SAXS法を紹介する。 池口満徳
小甲裕一
(横浜市立大学)
15:10 – 15:20 休憩  
15:20 – 16:00 中性子散乱と計算化学の融合中性子非弾性散乱は生体分子ダイナミクスを調べる有効な実験手法であるが、実験で分かる限られた情報からはその全貌が分かるとは限らない。一方、分子シミュレーションでは、詳細な情報が得られる。また、中性子散乱データを定量的に計算できることから、シミュレーションの解析技法を実験データの解析に柔軟に取り入れることができれば、結晶構造解析などで得られた立体構造に、実験データに裏打ちされたリアルなダイナミクスの情報を与え、その構造変化の情報を機能解析につなげられると期待される。 光武亜代理
(慶応大学)
中川 洋
(JAEA)
16:00 – 17:00 中性子生物物理学の展開生物学の研究における中性子の最大のメリットは、水素が見えるということと、水素原子のダイナミクスを通して生体分子の動力学を調べることができるという点に尽きる。後者については、分子動力学や基準振動解析の計算手法との相性がよいという特徴もある。非干渉性非弾性散乱による動力学研究、イェロープロテインの結晶構造解析と、これまで細々と中性子と付き合ってきた。これらの研究を紹介するとともに、生物研究における中性子のあるべき姿について述べる。 片岡幹雄
(奈良先端科学大学院大学)
17:00 閉会挨拶 今野美智子
(茨城県)

主催

中性子産業利用推進協議会
茨城県中性子利用促進研究会
総合科学研究機構 東海事業センター (CROSS東海)
J-PARC/MLF利用者懇談会

共催

日本学術振興会 第169 委員会 中性子回折小委員会(予定)
新世代研究所 水和ナノ構造研究会

詳細

日付:
2015-3-26 (木)
時間:
13:00 - 17:00
イベントカテゴリー:

主催者

中性子産業利用推進協議会
茨城県中性子利用促進研究会
一般財団法人 総合科学研究機構(CROSS)中性子科学センター
J-PARC MLF利用者懇談会

会場

研究社英語センター大会議室
Japan 〒162-0825 東京都
新宿区, 神楽坂1-2
+ Google マップ
電話番号:
03-3269-4331
Web サイト:
http://www.kenkyusha.co.jp/modules/11_meetingroom/index.php?content_id=1