本表彰制度は、令和元年度（2019年）に「中性子科学センター長表彰」として創設され、令和5年度（2023年）より「理事長表彰」として実施されています。
総合科学研究機構に勤務する職員等の中で顕著な功績を挙げたものに対し、その功績をたたえ、感謝の意を表し、総合科学研究機構が担う業務の更なる推進を図ることを目的としています。
| 受賞年度 | 受賞年月日 | 受賞テーマ | 受賞者（所属は受賞当時） |
|---|---|---|---|
| 令和7年度 | 2025/10/27 | 中性子イメージングによる先導的な日本刀の構造研究および普及啓発 | 研究開発部（兼務：産学連携推進室） 松本 吉弘 |
| 令和7年度 | 2025/10/27 | 偏極中性子測定技術の高度化と新規利用者の開拓 | 研究開発部 花島 隆泰 |
| 令和6年度 | 2024/10/8 | 高温高圧中性子試料セルの開発と中性子利用の促進 | 研究開発部（兼務：産学連携推進室） 阿部 淳 |
| 令和6年度 | 2024/10/8 | CROSSユーザー実験準備室の利用申請・安全教育オンラインシステムの構築 | 研究開発部 上田 実咲・永井 佑樹 |
| 令和5年度 | 2023/10/31 | ハイブリッド方式の課題を克服して円滑な会議を実現 | 利用推進部 新妻 秀之 |
| 令和5年度 | 2023/10/31 | 実験監視・リモートデータ解析システムの開発 | 研究開発部 笠井 聡 |
| 令和5年度 | 2023/10/31 | 燃料電池のイメージングに関する利用支援 | 研究開発部 林田 洋寿 |
| 令和5年度 | 2023/10/31 | ダイヤモンドアンビルセルを使った超高圧中性子実験法の開発 | 研究開発部 町田 真一 |
| 令和3年度 | 2021/10/11 | BL02におけるリモート化・スマート化への貢献 | 研究開発部 富永 大輝 |
| 令和3年度 | 2021/10/11 | 機能性高分子コンソーシアムの設立と運営 | 産学連携推進室 小西 盛也・宮田 登・山田 武 |
| 令和3年度 | 2021/10/11 | 成果・課題情報の集約、発信への貢献 | 利用推進部 五十嵐 美穂 |
| 令和2年度 | 2020/10/27 | 分子性有機物質の中性子非弾性散乱研究の推進 | 研究開発部 松浦 直人 |
| 令和2年度 | 2020/10/27 | 中性子共用ビームライン「大観」の利用促進への貢献 | 研究開発部（兼務：産学連携推進室） 岩瀬 裕希 |
| 令和元年度 | 2019/10/1 | 新MLFウェブサイト構築と論文分析システムの開発 | 研究開発部（兼務：利用推進部） 岡﨑 伸生 |
| 令和元年度 | 2019/10/1 | 国際的試料重水素化研究の推進 | 研究開発部 阿久津 和宏 |
